A terráriumban, megfelelő körülmények között tartott hörcsögök ritkán betegszenek meg, viszont sokszor éri őket baleset. Gyakori, hogy a gazda figyelmetlenségéből adódóan leesik az állat, ami csonttöréssel is járhat. Ilyenkor az állatorvos rögzíti a sérült végtagot a sikeres gyógyulás reményében.
Gyakran előforduló táplálkozási probléma a kalciumhiány, melynek következtében a csontok törékenyebbé válhatnak. A kalciumhiányt megelőzendő biztosítsunk a hörcsögöknek kalcium kiegészítést, például a díszmadaraknak is ajánlott szépia, vagy porrá tört tojáshéj által.

A többi rágcsálóhoz hasonlóan a hörcsögöknek is érzékeny szerve az emésztőrendszer. Az emésztőrendszer zavart működésének leggyakoribb tünete a hasmenés.
Az állatok hasmenéssel reagálhatnak étrendbeli változásokra, romlott takarmányra, és egyes fertőző betegségek velejárójaként is jelentkezhet.
A hörcsögök által szívesen fogyasztott gyümölcs-és zöldségfélék a kívánatosnál nagyobb mennyiségben fogyasztva szintén okozhatnak hasmenést. Ha a hasmenés kiváltó okai közül kizárjuk a takarmányozási hibákat, valószínűleg fertőzésről van szó.
A baktériumos fertőzések kezelése két fő részből áll: a beteg állatot antibiotikummal kell kezelni, és diétás táplálékot kell biztosítani számára.
Kitűnően alkalmazható az alma, keksz esetleg a keserű csokoládé. A zöldtakarmányokat, olajos magvakat hasmenés esetén mindig kerüljük. Mivel a hasmenés jelentős vízvesztéssel jár, ami keringési zavarokat is okozhat, így a folyadék pótlásáról mindenképpen gondoskodnunk kell.
Egy hörcsögnek alkalmanként 30-40 csepp keserű tea adása javasolt, amit szemcseppentővel vagy tű nélküli fecskendővel juttathatunk a szervezetébe. Ha az állat már a kiszáradás jeleit mutatja, az állatorvos infúzió (fiziológiás sóoldat) segítségével mentheti meg az állat életét.

A hörcsögöknél székrekedés is kialakulhat, amit leggyakrabban a nem megfelelő alom lenyelése okoz, elzáródást idézve elő a belekben. Ha az állat púposított háttal erőlködik, először mindig a székrekedésre kell gondolnunk. Ilyenkor a hasmenés kezelésével ellentétben sok friss zöldtakarmányt, esetleg 2-3 csepp olívaolajat is adhatunk az állatoknak.
Az édességek etetésével egészséges állatok esetében is csínján kell bánni, mert könnyen fogszuvasodást okozhat, amit csak a fog kihúzásával lehet orvosolni. A beteg fogak miatt gyakran tályogok is kialakulnak a fogmederben, mely a szervezet egészére káros hatással lehet.

Ha orrfolyást, illetve tüsszögést tapasztalunk, azt valószínűleg a felső légutak megbetegedése, súlyosabb esetben tüdőgyulladás okozza. A bakteriális fertőzések kezelésére minden esetben az állatorvos által meghatározott antibiotikumos kezelés javasolható.
Étvágytalanságot, nyálfolyást tapasztalhatunk, ha a hörcsög pofazacskójába szorult vagy fúródott az eleség. Ennek megelőzésére soha se adjunk a hörcsögnek hegyes magvakat, mert a pofazacskóba fúródva ott helyi gyulladást okozhatnak.

A hörcsögbetegségek további nagy csoportját a bőrelváltozások alkotják. Tünetei lehetnek a viszketés miatti vakarózás, valamint a szőr hullása is. Gyakoriak az atkák okozta, erős viszketéssel járó bőrelváltozások.
Sokszor találkozhatunk a bőr gombás elváltozásával is. Ilyenkor a szőr foltokban töredezik, illetve hullik ki. Ez a szőrhiányos terület pikkelyszerűen hámlik, és esetenként viszket. A vakarózás miatt másodlagosan gennyes bőrgyulladás is kialakulhat. Kezelésként a szőrhiányos bőrfelület gombaölő szerrel való ecsetelését végezhetjük el. Mivel egyes gombafajok az emberre is átterjedhetnek, csak kesztyűvel nyúljunk a beteg állatokhoz. Mivel az atka és a gombafertőzés tünetei hasonlóak, teljes biztonsággal csak laboratóriumi vizsgálattal lehet elkülöníteni azokat.

A fülkagylón és a szemhéjon, illetve az ajkakon kialakult bőrdaganatok jellemzően a hörcsögökön fordulnak elő. Mivel ez a betegség sok esetben nem gyógyítható, kiterjedt elváltozás esetén az állat humánus elaltatása javasolt. Fontos megemlíteni a marakodásból származó bőrsérüléseket is, amik hörcsögöknél nem ritkák. Megelőzésként a vemhes állatokat mindig különítsük el, a felnőtt egyedeket pedig szoktassuk össze. A verekedéskor keletkezett sebet gondosan fertőtlenítsük, súlyos sérülésnél forduljunk állatorvoshoz.

A vírusos agyhártyagyulladás vadon élő egérfélékben gyakran előfordul. Mivel a betegség emberre is átterjedhet, így fontos megemlíteni. A betegség kedvencként tartott hörcsögöknél ritkán fordul elő, inkább nagyobb tenyészetekben jelentkezik, ahol több száz egyedet tartanak együtt. A fertőzött állományokban a fiatal hörcsögök már pár hetes korukban átesnek a betegségen, és 3 hónapos korukra eltűnik a vírus a szervezetükből, így már nem jelentenek fertőzési forrást. A megelőzés szempontjából a legbiztonságosabb, ha három hónaposnál idősebb hörcsögöt vásárolunk.